데이터분석/Bioinformatics

[한주현님강의] 바이오파이썬 설치와 jupyter notebook에서 실행

묘걍 2023. 10. 11. 14:32

Anaconda Prompt로 들어가

where python 명령어 실행

: 파이썬이 어디 설치되어 있는지 알려줌

where pip 명령어 실행

: pip라는 파이썬 라이브러리를 설치해주는 프로그램이 어디 설치되어있는지 알려줌

 

파이썬 실행

import Bio

설치가 되어 있지 않기 때문에 에러남

 

pip install Biopython

설치 완료

다시 python으로 들어가

import Bio 해보면

잘 실행되는 것을 볼 수 있다.

 

Bio.__version__

설치된 버전을 확인할 수 있다

(강의가 촬영된 3년 전에는 1.77이었다고 한다)

 

 

Jupyter notebook에서 실행해보기

(주피터 노트북 오랜만이다..)

New → Folder를 통해 알맞은 위치에 폴더를 생성한다

 

해당 경로에서 새 주피터 노트북 파일을 생성한다

 

강사님은 import Bio 하시면 위에 설치한 것 덕분에 바로 실행이 되는데 나는 에러가 난다

새로 install해주었다

다행히 잘 실행되었다

(사실 pip와 install에서 계속 에러가 나서 한동안 주피터 노트북을 안 썼던 기억이..)

 버전 역시 잘 확인된다

 

기본 문서 확인

https://biopython.org/

 

Biopython · Biopython

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biopython.org

 

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